Den Reis nach Packungsanleitung in Salzwasser garen. In der Zwischenzeit das Kabeljaufilet in Würfel schneiden, mit dem Zitronensaft beträufeln und leicht salzen. Die Zwiebel pellen und fein hacken. Die Butter erhitzen, die Zwiebelwürfel darin andünsten. Den Fisch zufügen, unter Wenden 2-3 Minuten dünsten. Mit Salz und frisch gemahlenem Pfeffer abschmecken. Den gegarten Reis und die Thymianblättchen untermischen. Den Backofen auf 200°C (Gas Stufe 3) vorheizen.
Die Fleischtomaten waschen, einen Deckel abschneiden und die Tomaten vorsichtig aushöhlen. Die Tomaten mit Küchenpapier gut trockentupfen. Innen mit Salz und Pfeffer würzen. Mit der Reis-Kabeljau-Masse füllen, die Tomatendeckel wieder auflegen. Eine entsprechend große Auflaufform ausfetten, die gefüllten Tomaten hineinsetzen. Im vorgeheizten Backofen 15 Minuten garen.