Makkaroni nach Packungsanweisung in reichlich kochendem Salzwasser bißfest garen. Inzwischen das Gemüse putzen, waschen und in ca. 1/2 cm dicke Scheiben schneiden.
Die Zucchini- und Auberginenscheiben in Salzwasser kurz blanchieren, auf ein Sieb geben, mit kaltem Wasser abschrecken, gut abtropfen lassen und zusammen mit den Tomatenscheiben beiseite stellen.
Die Margarine in einem Topf erhitzen, Mehl darüberstäuben und durchschwitzen lassen. Unter ständigem Rühren mit der Milch ablöschen. Die Sauce kurz aufkochen lassen, den Schmelzkäse darin auflösen und mit Salz, Pfeffer und Muskat pikant abschmecken.
Eine feuerfeste Form einfetten, die Makkaroni und das Gemüse einschichten, leicht salzen. Die Käsesauce darübergeben und zum Schluß den geriebenen Emmentaler darüberstreuen.
Den Makkaroni-Gemüse-Auflauf im vorgeheizten Backofen bei 200 Grad (Gas: Stufe 4) 20 - 25 Minuten backen, bis der Käse goldbraun ist.