Kartoffeln schälen, waschen und vierteln. In kochendem Salzwasser ca. 15 Minuten garen und abgießen, Möhren schälen, waschen, in kleine Würfel schneiden. Tomaten in eine Schüssel geben und mit einer Gabel zerkleinern. Bohnen auf ein Sieb geben, abspülen und abtropfen lassen. Zwiebel schälen und grob würfeln. 1 Chilischote waschen, längs aufschneiden, entkernen und in feine Stücke hacken.
Öl in einem großen Topf erhitzen. Zwiebel- und Möhrenwürfel darin andünsten. Hack zufügen. Mit Salz, Pfeffer und 1 EL Majoran würzen. Unter Wenden ca. 10 Minuten anbraten. Kartoffeln, Bohnen, Tomaten und Chili zufügen und weitere ca. 5 Minuten köcheln lassen.
Chili con Carne nochmals abschmecken und in eine Auflaufform füllen. Käse grob raspeln, darüberstreuen. Im vorgeheizten Backofen (E-Herd: 225 °C/Umluft: 200 °C/Gas: Stufe 4) ca. 10 Minuten überbacken. Mit Kräutern und übrigen 2 Chilischoten garnieren. Crème fraîche dazureichen.